Début XVIème : l'Atlas nautique de Louis XII mentionne les îles d'Hyères : Geno (Giens), le port de Carabasare (mouillage de Rabat), une clape (écueil de la Jaume Garde), Porquerame, Port Creux et l'île des Bons Hommes (Levant).
1502 : l'amiral Christophe Colomb, dans une lettre aux rois d'Espagne, cite les îles d'Hyères comme un abri contre le mistral.
1504 : des pêcheurs de Bormes, venus à Bagaud, sont attaqués par une fuste maure. L'un est tué, deux autres sont capturés.
1508 : La Santa Maria, grand nef des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem, fait escale à Porquerolles. Son capitaine, Jacques de Gatineau, commandeur de Limoges, signale la présence de trois fustes maures.
1514 : des pêcheurs d'Hyères sont attaqués près de Giens par deux brigantins d'un corsaire génois, Corseto.
1515 (mai) : un combat naval oppose galères, navires et barques, aidés par la caraque de Rhodes, aux Maures et Turcs retranchés dans les îles. Les navires capturés sont emmenés à Port Cros.
1517 : un religieux cordelier prêche, à Marseille, sur la place de la Major, une croisade pour délivrer les îles des pirates, qui se font de plus en plus actifs.
1517 : une galère turque attaque un vaisseau basque. Détruite, elle se réfugie à Port Cros.
1518 : on signale la présence dans la Calla del Moro, à Giens, de deux fustes turques détenant des prisonniers chrétiens.
1518 : Honorat de Forbin, seigneur de Solliès, propriétaire de Porquerolles depuis 1474, entreprend la restauration du "castel" de Porquerolles, pour se défendre contre la piraterie.
1519 : des ouvriers d'une barge convoyant des pierres pour la réfection du château de Porquerolles, sont capturés par des pirates maures et emmenés en esclavage.
1520 . une galère maure, appuyée par vingt-quatre fustes, capture des navires chrétiens aux îles d'Hyères. Les pirates coupent la main droite, les oreilles et le nez des prisonniers, et font une grande croix sur la tête de deux d'entre eux, l'un français, l'autre catalan, et les renvoient en leur disant : "Allez à vos rois, qu'ils voient la croisade qu'ils ont fait prêcher".
1521 : Piri Re'is, neveu de l'amiral ottoman, le kapudan pacha Kemal Re'is, qu'il avait accompagné dans une croisière en Méditerranée, décrit les îles d'Hyères dans le Livre de la Mer, portulan de Méditerranée. Les îles sont alors appelées les Trois Iles. Il cite Port Cros, appelé Porto Uskudalu (Port de l'Ecuelle), abrité par "une petite île qui arrête le vent qui vient du nord-ouest", la baie de Port Man, dite Porto Korso, "bon mouillage où on trouve de l'eau un peu saumâtre". La passe entre Port Cros et le Levant est un "passage profond", mais il faut éviter un rocher près du cap que l'on voit à la surface de l'eau. La Gabinière est un "îlot rond" dit Bon Omu ("Bon Homme"), au sol raboteux. Porquerolles est nommée Pontara, le Grand Ribaud Rabaldi, petit île de chaque côté de laquelle on peut passer, et dont le "mouillage est bon". Hyères est appelée Aris, Larich en arabe. La rade d'Hyères est réputée un "bon lieu d'ancrage, aux eaux calmes, pouvant servir de mouillage à trois cents ou quatre cents navires". Les baies situées à l'est sont réputées pouvoir servir de mouillage aux galères. Enfin la forteresse de Brégançon est appelée Barkansur.
1522 : à la suite de la prise de Rhodes par Soliman II, dit le Magnifique, (1494 - 1566), les chevaliers de Saint-Jean de Jérusalem s'établissent à Viterbe, et sollicitent le droit de s'établir aux Iles d'Hyères. François Ier ne répondant pas, ils iront s'établir en 1530 à Malte.
1524 : Charles III, connétable de Bourbon, à la tête des armées de Charles-Quint qui voulait récupérer le royaume d'Arles, attaque Toulon et Brégançon, se saisit des îles, et envahit la Provence. Hyères et Brégançon résistent un certain temps. Il est repoussé par le maréchal de La Palice. Le siège de Marseille est levé le 28 août.
1525 : après le désastre de Pavie, qui voit François Ier fait prisonnier, Andrea Doria propose à la Régente d'attaquer le convoi de galères qui mènera le roi en Espagne, lors de son passage aux îles d'Hyères. La Régente refuse, et François Ier ne sera libéré que l'année suivante.
1526 : Bernardin de Baux, associé à Bertrand d'Ornezan et Andrea Doria, s'empare d'un navire du marchand barcelonais Joan Ferrer.
1526 : Gilles de la Pommeraie, commandant en chef des galères, indique au grand-maître de l'artillerie Montmorency qu'il a trouvé neuf fustes maures aux îles d'Hyères, les a pourchassés sur 30 à 40 milles sans réussir à les rejoindre.
1527 : Pierre de Clermont, lieutenant pour le roi en Languedoc, relate qu'il y a, "aux îles d'Hyères, quarante fustes des Maures et quatre galères de Barberousse qui ont poussé jusque sur les côtes de Marseille, où ils ont fait beaucoup de maulx". La flotte de Barberousse, installée aux îles d'Hyères, inquiète aussi le chancelier de Charles Quint, qui, devant rejoindre l'Italie, n'ose pas appareiller d'Espagne.
1528 : la galère française le Nègre, commandée par M. de Ménault, refuse le combat en rade d'Hyères, et s'échoue volontairement sur la côte.
1528 : Andrea Doria (1466 - 1560), après avoir pris Gênes à la tête de la flotte française, se retourne contre la France, saccage St Tropez, et ouvre la côte aux Africains qui viennent brûler les villages et enlever les habitants.
1529 : Charles Quint, parti d'Espagne avec une flotte composée de 27 galères et de 80 vaisseaux, vient mouiller en rade d'Hyères. Il repart le lendemain vers l'Italie.
1530 (juin) : douze galères de la flotte de Kher ed Din, dit Barberousse, s'arrêtent aux îles d'Hyères et vont dévaster la côte de Hyères à Toulon. Elles participent ensuite au raid contre La Napoule.
1530 : Louise de Glandevez épouse Boniface de Ponteves et lui apporte en dot la terre de Giens.
1531 : François Ier (1494 - 1547) vient à Hyères, entend les doléances des insulaires, terrorisés par les pirates. Il décide de relever les fortifications existantes et d'en créer de nouvelles, afin de contrecarrer les ambitions de Charles-Quint. La forteresse Sainte-Agathe, à Porquerolles, est rebâtie, comprenant une grosse tour ronde à canon de 20 mètres de diamètre sur 13 de haut, avec des murs épais de 4 mètres, à l'intérieur d'une enceinte trapézoïdale. On construit également le Château de Port Cros.
1531 (juillet) : François Ier crée le "Marquisat des Iscles d'Or" (Bagaud, Port Cros, le Levant), qu'il confère de façon héréditaire à Bertrand d'Ornezan, seigneur d'Astarac, baron de Saint Blancard, conseiller et maître d'hôtel ordinaire du Roi, amiral des mers du Levant, viguier et conservateur de la tour et du port d'Aigues-Mortes, à charge de mettre les terres en labour et de les garder contre les corsaires. Il avait été nommé en 1521 par François Ier général des galères et envoyé à Rhodes, avec neuf galères et quatre brigantins, pour défendre la ville contre Soliman le Magnifique. Après avoir défait l'armée navale de Charles-Quint devant Toulon, il avait été reçu citoyen d'honneur de Marseille en 1525. Il avait épousé Anne de Comminges, et en avait eu un fils, Bernard, et une fille, Jeanne. Il reçoit en même temps le commandement du fort de Brégançon.
1532 (février) : Bertrand d'Ornaison prend possession de son marquisat le 3, à Brégançon, puis le 13 à Port Cros.
1532 : les Maures reviennent sur les îles.
1535 : le roi est informé que Barberousse et deux autres pirates célèbres, Judrou et Cachediable, avec dix galères, quinze galiotes et dix-sept fustes, sont venus aux îles d'Hyères. Après avoir fait mine de se diriger vers la Sardaigne, ils ont débarqué 800 Turcs à La Napoule et tenté d'attaquer le fort.
1536 : Charles-Quint franchit le Var à la tête d'une armée de 50 000 hommes, et envahit la Provence. Andrea Doria (1466 - 1560) épargne la ville d'Hyères, mais s'empare des îles pour le compte de Charles-Quint, et en fait, pour quinze jours, un duché autrichien, baptisé Iles d'Autriche. La Provence ayant été systématiquement dévastée à l'avance, sur ordre du connétable Montmorency (1493 - 1567), Charles-Quint doit l'évacuer deux mois après.
1536 : Barberousse, bey d'Alger, premier Capitan-Pacha de Soliman II, s'allie au roi de France et hiverne dans la rade de Toulon et à Hyères.
1536 : l'île du Levant, cultivée, compte 70 hts.
1539 : François Forbin, propriétaire de Porquerolles, indique au roi que l'île est inhabitée.
1539 : l'édit de Villers Cotterets impose l'usage du français en Provence comme ailleurs.
1540 : Léon Strozzi, connu sous le nom de Prieur de Capoue, capitaine général des galères de Malte, devenu commandant des forces navales de France, mécontent que François Ier ait nommé François de Montmorency comme commandant en Méditerranée, s'échappa avec deux galères, gagna les îles d'Hyères, et partit pour la Corse.
1542 : François Ier installe le siège de la sénéchaussée à Hyères, qui s'étend sur Toulon.
1543 : François Ier appelle Barberousse pour le soutenir contre les Espagnols, et l'invite à hiverner à Toulon. Sa flotte, composée de 110 galères, est mouillée en rade de Toulon ou aux îles d'Hyères. Les habitants subissent de nombreuses dommages.
1543 : les Espagnols, irrités par la résistance opposée par la ville de Marseille contre le connétable de Bourbon en 1524, et contre Charles-Quint en 1536, prennent place sur la côte des Maures, et occupent les îles, en vue de ruiner le commerce de Marseille, voire de s'en emparer. La menace espagnole se fait sentir jusqu'à la fin du XVIème siècle. 1548 : Rabelais (1494 - 1553), qui avait fait ses études de médecine à Montpellier, serait venu herboriser à Port Cros, au Manage Notre-Dame, et y aurait écrit son Tiers Livre. Il signe plusieurs éditions de Gargantua et de Pantagruel du nom de Calloier (moine) des Isles d'Hyères.
1549 (décembre) : le marquisat des Iles d'Or retourne à la Couronne, puis est conféré par Henri II (1519 - 1559), roi de France en 1547, à un seigneur allemand, Christophe de Rocquendorf, baron de Molenbourg, seigneur de Condé et de Revaix, grand-maître héréditaire d'Autriche et gentilhomme de la chambre du Roi, au service du royaume de France. Les îles sont alors toujours "un repaire de pirates infidèles", qui l'utilisent comme base pour attaquer les villages de Provence et les navires de passage, emmenant la population en captivité. Le nouveau propriétaire a la charge de construire des forteresses de défense, les habitants sont exemptés d'impôt, et on assure l'impunité à tous les "criminels, poursuivis ou nom, condamnés ou non, tant qu'ils resteront dans l'île". Cette clause attire dans les îles tout le rebut de la population du littoral, qui se livre elle-même au piratage, s'ajoutant aux courses des Barbaresques.
1550 : les lettres patentes de Henri II conférant le marquisat des îles d'Or à Christophe de Rocquendorff sont entérinées à Aix.
1552 (février) : Henri II confirme la donation par le comte de Rocquendorf du marquisat des Iles d'Or à Gabriel de Lutz, seigneur d'Aramon, gentilhomme ordinaire de la chambre du Roi, précédemment ambassadeur de François Ier à Constantinople, qui l'avait fait libérer alors qu'il était prisonnier. Le roi lui accorde le droit "d'ajouter à ses armes sept fleurs de lys d'argent sur champ d'azur".
1557 : d'après Jules Raimond de Soliers, les forts de Porquerolles et de Port Cros sont détruits par les Espagnols.
1558 : La flotte de Barberousse, alliée de Henri II contre Charles-Quint, qui comprend 105 galères et 14 galiotes, devait faire sa jonction en Corse, avec celle du comte d'Enghien, grand prieur de France, commandant général des forces navales. Or celui-ci, après avoir cherché la flotte turque en Corse, se dirige vers les îles de Lérins, puis vers les îles d'Hyères. Les deux flottes se joignent vers la Ciotat et viennent hiverner à Toulon, d'où les habitants avaient expulsé par ordonnance royale. Au printemps, les deux flottes se retrouvent à Porquerolles, où les Musulmans fêtent le Beïram, qui marque la fin du Ramadan, pendant un jour et une nuit, avant de lever l'ancre.
1560 : Gabriel de Lutz, marquis de Iles d'Or, meurt, instituant comme héritières Jaumette de Grasse et Jacqueline des Estardes (ou Estandes).
1561 : Bréganson revient à la couronne royale.
1564 : Gaspard de Pontevès, sire de Flassans, consul d'Aix, catholique exalté, terrorise la région d'Aix. Il finit par se réfugier à Porquerolles, pourchassé par Honoré de Savoie, comte de Tende, grand sénéchal de Provence.
1564 (octobre) : Charles IX (1550 - 1574), fils d’Henri II, roi de France en 1560, entame un tour de France qui durera 2 ans. Il passe 5 jours à Hyères, avec sa mère, Catherine de Médicis, le duc d'Anjou et le duc de Navarre. Il déplore que les "Mores, Turcs ou autres pirates de mer viennent prendre port et descente aux îles...où ils se tiennent et cachent... et viennent piller et ravir hommes, femmes et enfants", et "qu'il n'y ait aucun port ni forteresse à Yères pour y résister". Il déjeune le 30 au nouveau fort de Bréganson pour y voir les îles d'Hyères. Il donne 2 000 livres pour construire un port à Hyères.
1564 : le château et les îles d'Hyères ont pour gouverneur François de Simiane. Sa fille Honorade épouse Artus de Prunier, magistrat et savant.
1566 (mai) : les incursions barbaresques sont si fréquentes que le marquis d'Elbeuf doit partir de Marseille pour faire une croisière sur la côte, avec douze galères, établissant son centre d'action à Port Cros pour surveiller le rivage depuis le Var jusqu'au Rhône.
1567 : le chevalier de Pelroye, ingénieur, est chargé par le roi de construire un port de mer et un canal le reliant à Hyères.
1570 (octobre) : la seigneurie de Bénat est détachée de la baronnie de Bormes par Roland de Grasse qui vend le château et les terres à Antoine Gentil pour 1 000 écus d'or.
1571 : Porquerolles devient la propriété du seigneur de Pontevès, comte de Carcès, qui fait venir une quarantaine de familles paysannes de Lorraine, sans succès. En 1519, Boniface de Pontevès avait acquis la seigneurie de Giens. François de Pontevès lui avait succédé en 1526, puis Pierre de Pontevès, conseiller au Parlement, Henri de Pontevès et Laurent de Pontevès.
1573 (juillet) : à la mort d'Honoré de Savoie, Albert de Gondi, baron de Retz, maréchal de France, gouverneur de Metz, reçoit de Charles IX le marquisat des Iles d'Or en devenant gouverneur de Provence et amiral des mers du Levant. La charge de grand sénéchal revient au comte de Carcès.
1574 : la seigneurie de Bréganson est érigée en marquisat par Henri III en faveur d'Antoine Escalin des Aimars, baron de la Garde, conseiller privé du roi, général des galères.
1575 : Porquerolles est échangée par Henri III (1551 - 1580), roi de France en 1574, avec le comte de Carcès. Un rapport décrit la tour de Porquerolles. Les murailles extérieures sont en partie ruinées. La tour est déserte, son capitaine Lois Saulvecane, étant à la chasse.
1578 : le sieur Boyer, entrepreneur, est chargé de la construction du port d'Hyères.
1578 : le comte de Vins, chef de la noblesse catholique, après avoir essayé de prendre Hyères, assiège Bréganson, protestante. Après avoir capitulé, après deux jours de siège, et en ayant obtenu la vie sauve, le châtelain et la garnison sont massacrés.
1579 : l'échange fait avec le comte de Carcès est annulé, et Henri III rachète Porquerolles qui devient propriété de la couronne de France. La seigneurie est alors estimée à 48 900 livres.
? : à la mort d'Albert de Gondi, le marquisat des Iles d'Or revient à son fils Philippe-Emmanuel de Gondi, comte de Joigny, général des galères de France, critiqué pour son manque de bravoure.
1580 : Hyères subir une terrible épidémie de peste.
1581 : Alphonse d'Ornano, futur lieutenant général du Dauphiné, prend possession du fort de Porquerolles. Le duc d'Angoulême, gouverneur de Provence, y fait porter deux pièces d'artillerie afin de la défendre contre les pirates.
1581 : le marquisat de Bréganson passe par adjudication à Boniface de la Molle, seigneur de Collobrières.
1586 : le duc d'Epernon remplace Henri d'Angoulême, assassiné, comme gouverneur de Provence.
1587 : le duc d'Epernon fait son entrée à Hyères et à Toulon. Son frère aîné, Nougaret de La Valette, lui succède.
1588 : la ville d'Hyères confirme son attachement au roi contre les visées du duc de Savoie. La baron de Menouillon, en revanche, qui avait la garde du château d'Hyères, se range du côté de ce dernier. M. de La Valette renonce à faire le siège du château.
1589 : la garnison de Hyères, assiégée, finit par capituler. Andrietto Doria arrive en rade d'Hyères peu après avec 2 000 hommes sur 20 galères, puis continue sur Toulon.
1590 : alors que le duc d'Epernon assiège Marseille, un galion que Cazaux, un des deux consuls de la ville, avait envoyé à Livourne pour chercher du blé, est pris aux îles d'Hyères par deux galères turques. Il faut verser 2 000 écus pour libérer le navire.
1591 : les forteresses de Ports Cros, le fort du Moulin et celui de Port Man, apparaissent sur la première carte de Provence par Pierre Jean Bompar.
1593 : le duc d'Epernon succède à son frère La Valette et arrive à Hyères.
1593 : une garnison royale est installée à Bréganson, commandée par le capitaine de la Roderie.
1595 : Henri IV nomme M. de Guise au gouvernement de la Provence. Le château d'Hyères reste fidèle au duc d'Epernon, et est assiégé par M. de Fanges, maître de camp des armées du roi.
1596 : après une longue résistance de la garnison du château d'Hyères, la paix est signée, le château revient au roi qui le fait détruire.
1596 : la cardinal d'Ossat, ambassadeur d'Henri IV à Rome, écrit au duc de Guise, gouverneur de Provence, que le prince Doria projette de s'emparer des îles d'Hyères pour le compte du roi d'Espagne, et de la fortifier pour contrôler le trafic maritime, ce qui fait échouer l'entreprise.